基于多重技术优化的Small RNA高通量测序建库方法研究

冯 延叶, 赖煦 卉*, 李 艳玲, 杨 羽辉
上海英基生物科技有限公司

摘要


Small RNA常规建库面临接头二聚体占比高、低起始量样本建库难及切胶操作繁琐等瓶颈。本研究通过在3'接头连接中引入分子拥挤剂PEG8000提升连接效率；创新利用HNT3去腺苷酰化酶联合Lambda外切酶特异性降解多余3'接头以阻断二聚体产生；针对低起始量（1ng~10ng）开发基于异丙醇与磁珠的cDNA纯化技术。结果表明，优化后的方案显著降低了接头二聚体残留，成功实现了1ng极低起始量样本的高质量免切胶建库，提升了miRNA检出率，且完美兼容植物及血浆等复杂样本。

关键词


Small RNA测序；建库优化；接头二聚体；分子拥挤剂；核酸外切酶；磁珠纯化

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参考


[1]Bartel D P. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions [J]. Cell, 2009, 136(2): 215-233.

[2]Hafner M, Renwick N, Brown M, et al. RNA-ligase-dependent biases in miRNA representation in deep-sequenced small RNA cDNA libraries [J]. Rna, 2011, 17(9): 1697-1712.

[3]冯延叶，李艳玲，杨羽辉，等.一种small RNA文库构建方法：中国，CN2024102963017[P].2024-03-15


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