基于GEO数据库构建神经母细胞瘤泛凋亡相关基因的预后模型

程 颖1, 赵 金都2, 高 群2
1、安徽医科大学第五临床医学院
2、安徽省儿童医院 安徽医科大学儿童医学中心

摘要


目的：基于泛凋亡相关基因构建神经母细胞瘤预后风险模型，为NB患者提供预后评估及个体化治疗策略的科学依据。方法：从基因表达综合数据库下载GSE49710队列，获取NB患者的临床数据和基因表达数据，从已发表的文献中获取泛凋亡相关基因。利用Pyhton语言进行单因素COX回归分析初步筛选出与预后相关的基因，通过LASSO回归及多因素COX回归建立预测效果最佳的多基因预后风险模型。从开放有效治疗方法的治疗性研究数据库下载TARGET-NBL队列，验证该模型的有效性。结果：基于GSE49710数据集建立了由PSMA3、PRKACG、CHMP2B、TP63、CHMP6五个泛凋亡相关基因构建的预后模型，根据所有样本风险评分中位数将患者分为高、低风险组。生存分析表明高风险组与低风险组的生存率存在显著差异（Log-rank P <0.05），ROC曲线分析显示1年、2年、3年生存率的曲线下面积(area under curve，AUC)分别为0.862、0.855、0.828，箱线图显示高、低风险组间两箱体无重叠部分，C-index为0.802。生存分析表明，在TARGET-NBL队列中，高低风险组间的预后存在显著差异，高风险组患者的预后更差。结论：基于GEO数据库构建的泛凋亡相关基因预后模型能够有效预测NB患者的预后。

关键词


神经母细胞瘤；生物信息学；泛凋亡；预后模型

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参考


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